通过现代分子人类学研究各民族的起源，有一个很常用的方式就是分析Y染色体的单倍型类群，因为Y染色体完全是父系遗传，如果一个男性的Y染色体发生稳定突变，一定会被他的直系男性后代所继承。同理，如果测试到一大群现代男性都带有一个相同的突变,那么可以肯定他们应该是同一个男性的后代。
Y染色体上的突变分类，可以分成20 种主干单倍群。通常来说，相近地区的人类在基因层面上也是相近的，这从长相这种最基本的性状都能看出来。大家可能很难区分出一个白人是来自于英国还是法国；也很难区分出一个东亚人是来自中日韩的哪一个国家。毕竟长相就是基因决定的。
那我们东亚人的主要Y染色单倍体群是哪一种呢？
东亚人主要有四种：O、C、D和N。而如果是分析汉族、朝鲜族和大和族这三个东亚地区最大的民族，那么主要就是单倍体O。不过，日本人有一个很特殊的地方：含有很密集的单倍体群D！日本人有35%的D类。
黄颜色的就是D类，汉人和朝鲜人很少，但日本人很多
单倍体群D，这个单倍体群汉族和朝鲜族都没有吗？这还真的很少，D类单倍体分布密集的地方仅仅限于亚洲，不过只限于这几个地方：中国西藏以及邻近的部分西南地区，日本、印度和阿达曼群岛。可以看到除了日本外，剩下的地方都属于东亚和南亚的交界地区。
这个就有些怪异了，为何日本人的部分基因会跨越朝鲜半岛和汉族地区，和藏区相近呢？
根据考证，这可能说明了日本人的一支特殊起源——来自东南亚的绳文人。
有说法认为D类的出现是这样的。大概6万年前， 其与单倍群E同样源于M168突变的基础上产生的YAP突变，后来出现分化，一支到了青藏高原，另一支到了日本列岛。不过这就很难解释一个问题：为什么中间广袤的大陆地区，D含量很低。
也有学者提出新的路径——D源于南方，向北扩张发生在6万年前，这早于东亚最主要的O类单倍体群，而它们飘到日本则是通过两条路，一条还是传统的陆路，而另一条路则是海路，即从东南亚到中国台湾、琉球，再一路飘到日本列岛。根据目前分布的判断，可能通过海路的南线是更主要的路径。
图中通过台湾和琉球飘到日本的路径就是D类进入日本的路径
现代日本的文明主要还是和东亚大陆同源的移民建立的，这支移民（日本称为“弥生人”）大概从公元前10世纪开始通过朝鲜半岛，或是中国江浙直接通过水路到日本，后又不断吸取大陆先进文明，这才缔造出日本的文明。但是，弥生人到日本之前，日本并不是孤岛，日本列岛上还有另一个人类团体存在，即“绳文人”，“绳文人”文明程度很落后，所以很快被弥生人征服并融合了。
“弥生人”和东亚大陆的居民是同源的，基因差别并不大，单倍体群主要就是O系，所以，即使是日本，现在O系单倍体群也是占有绝对的数量优势。但日本人独有的这D系，基本就能确定，这应该是部分“绳文人”留下来的。D类只在安达曼人、北部藏缅人群和日本人中高频分布，而其下游支系的D2-M55仅存在于日本群岛的不同人群。
东亚人的主要单倍群还是O
那么，中国大陆地区和朝鲜半岛地区的D类呢？这大部分都消失了，当来自黄土高原和中原的古华夏部族进行大规模扩张时，这些带着O系的华夏先祖陆续消灭了这些D类族群的父系，使得O系占绝对主流；而北部蒙古高原等地，则是带C类单倍群的消灭了带D类的。
不过在青藏高原、日本这种比较偏僻的地方，由于环境相对稳定，所以D系得到了一定程度的保留，但即使是在日本，最早被大陆居民征服、征服地最彻底的关西一带的D系比较少，然而琉球、东北三县和北海道的D系相对残留的就比较多。可以看到，虽然弥生人征服了绳文人，但绳文人的血统还有相当一部分残留了下来，这也许是因为早期弥生人是分批移民的，数量相对较少，所以无法彻底消灭绳文人，而只是和其慢慢融合的缘故；而在中国，由于早期古华夏族裔生活着的中原等地很富庶，凭借着农业很快就取得了绝对的人口优势，这使得O系成为绝对主流。到现在为止，也能发现日本人身上有很多与东亚其它民族不一样的地方，比如有相当一部分有很密集的体毛等。
当然，也有另外一种可能：当时是母系社会，母系占主流，所以绳文人被征服后，男性反而被留下来了……
可以看到，日本西部的D系少而东部的D系比较多
而在中国除西藏外的西南地区，随着秦灭古蜀等华夏族群的大规模扩张，D系的比例也大大下降，只剩下一些边缘地带的少数民族身上还有部分残存。
作者：云帆
