新四军是抗战中我军第二支主力军队，将分散在南方多省的游击队整合相当不容易，有的游击队拒绝整编，甚至杀害派去的干部。
红军主力长征后，在南方各省分布着众多游击队，有的游击队是原来的小根据地演变，有的游击队是留守人员创建，还有的游击队是红军长征过程中留下的部队组建。到新四军改编时，南方地区至少还有16支红军游击队。
1、赣粤边游击区：领导人项英、陈毅，300余人。
2、闽赣边游击区：领导人钟民（又名钟得胜，1954年去世）、彭胜标（少将）。汀瑞游击队，300多人。
3、闽西游击区：领导人陈潭秋（牺牲）、张鼎丞、邓子恢、谭震林，1300人。
4、闽粤边游击区：黄会聪（1936年病逝）、何鸣（1938年被处决）、卢胜（中将）、王胜（少将），300余人。
5、皖浙赣边游击区：关英（1937年牺牲）、唐在刚（1935年牺牲），300多人。
6、浙南游击区：刘英（1942年牺牲）、粟裕。1936年约1600人，1937年上半年尚有约400人。
7、闽北游击区：黄道（1939年被特务暗杀）、吴先喜（1937年牺牲）、师长黄立贵（1937年牺牲）。1936年底，3000余人。1937年，800余人。
8、闽东游击区：叶飞（上将），1937年底，红军独立师发展到1300余人。
9、湘鄂赣边游击区：陈寿昌（1935年牺牲）、徐彦刚（1936年牺牲）、傅秋涛（上将）。这支红军游击队有近1000人。
10、湘赣边游击区：彭辉明（牺牲）、谭余保（湖南省副省长）、曾开福（1937年叛变）。红军游击队有400多人。
11、湘南游击区：彭林昌（牺牲），蔡会文（牺牲）、周里（湖南省副省长）、游世雄。两支游击队，共300余人。
12、鄂豫皖边游击区：高敬亭（1939年被处决）、罗成云（牺牲）、方永乐（牺牲）。这支游击队人数最多，有2000多人。
13、鄂豫边游击区：张星江（牺牲）、王国华（牺牲）、周骏鸣（水利部副部长）。1938年初，1300余人。
14、琼崖游击区：冯白驹（广东省副省长），300余人。
15、赣东北游击队：杨文瀚，方志敏红10军团余部。200多人。
16、赣北游击队：刘维泗，也是红十军团剩余人员。300多人。
以上这些游击队共计有1万多人，分散在南方各个省份。在新四军成立时，这些游击队改编过程分为三种情况。
第一种，改编过程顺利
项英和陈毅领导的赣粤边游击区是敌人围剿的重点，国军 46 师多次发动清剿。1936年西安事变后，敌人莫名其妙地突然停止了进攻。项英遣人去大庾县城搞来几张最新的报纸，了解到最新的国内情况。他和陈毅、杨尚奎、陈丕显等人交换意见后，果断提出了开展抗日救亡宣传的主张。
抗战爆发后，项英与陈毅主动和国民党当局取得联系，进行谈判。与中央取得联系后，他们又负责联系各地游击队，改编新四军。
此外，闽北游击区黄道、浙南游击区粟裕、闽西游击区张鼎丞、邓子恢、谭震林等多支游击队的领导人也从西安事变中获得消息，主动联系上级组织，并同当地围剿的国军谈判联合抗日。
鄂豫皖边游击区高敬亭、鄂豫边游击区周骏鸣分别派人到北平寻找上级组织，后来和延安取得了联系。琼崖游击区冯白驹通过香港，也与上级取得联系。
还有一些游击队能够接受上级领导，顺利得到改编。
例如闽赣边游击区，1937年10月，陈丕显代表中央分局前来联系，该游击队接受领导，进行了改编。
皖浙赣边游击区接到中共中央分局信件后，陆续下山集中整训。在改编过程中，赣粤边特委始终保持警惕，坚持独立地靠山近水扎营，并同国军部队保持距离。改编过程中没有遭受损失。
第二种，改编中遭受损失
改编中，有的游击队认为国共合作，轻信了敌人，遭到损失。
闽中刘突军和杨采衡领导的一支游击队，有200多人，被国民党改编为第80师独立大队。改编后，国民党要求该部队开进泉州城。进城后，大队长刘突军被暗杀，游击队被包围缴械。后来经过党组织斗争，国民党当局被迫归还武器。1938年5月，杨采衡（漳州军分区副司令员）带领100名骨干北上皖南，编为新四军特务营二连。
1936年冬，闽粤边游击区领导人黄会聪病逝。继任的特委代理书记何鸣在改编中失去警惕，1937年7月，他带领红3团开赴漳浦县城集中。7月16日，国军157师将红3团包围，近千名红军被迫缴械。当晚，副大队长卢胜、参谋长王胜率部队骨干潜出城外，重建红3团。这次事件使闽粤边游击队损失惨重。1938年2月，卢胜率领剩余的400余人加入新四军。
这次事件中，何鸣本人被157师扣留。1938年，他与党组织取得联系，返回红军游击队。1939年6月，新四军军法处审判认为何鸣对红3团被缴械事件负全责，将他枪毙。1950年，何鸣被追认为革命烈士。
第三种，拒绝改编，最终完全损失
改编过程中，也有一些红军游击队不相信派来的同志，不相信联合抗日，改编过程充满了惊险。
湘赣临时省委书记谭余保担任湘赣游击队政委。1937年初，该游击队司令员曾开福被敌人的美人计诱惑，跟随女特务凌燕投敌。谭余保得到消息后调整部署，但一些红军游击队的秘密联络点、交通站遭受损失。
1937年10月，湘南游击1支队支队长曹树良上山传达游击队合作工作，谭余保因为不久前曾开福投敌事件，将自己同志杀掉。1937年11月中旬，陈毅亲自上山，又被谭余保抓了起来，绑了4天，差点被杀害。后来谭余保派人下山了解情况后，才相信了联合抗战政策，他向陈毅诚恳道歉，下山接受改编。
还有两支游击队完全拒绝改编，杀害前来联络的同志，顽固坚持同国民党作战到底。
第一支赣东北游击大队，原本是方志敏的部队，由闽浙赣省委书记关英领导。3年游击战中，军区司令员唐在刚战死，军区参谋长邹琦被俘牺牲，关英也与部队失散，只身突出重围。在多名领导牺牲之后，宣传部长杨文翰成为了游击队的领导人。到1937年，部队已经发展到500人，有步枪200余支，有机枪一挺。
1937年9月，当地县委便派员上山，传达国共合作抗日的消息，杨文翰将两位同志枪毙。不久，第二次、第三次派去联络的同志，又被他枪毙。第四次，上级派这支部队的老领导关英去联络，又被他枪毙。
第二支是赣北游击队，领导人是刘维泗。1937年9月下旬，红16师政委明安楼和鄂东南特委书记林美津到达赣北岷山，向刘维泗传达《抗日救国十大纲领》等文件。刘维泗认为国共两党之仇不共戴天，拒绝接受改编命令，将两人杀害。
根据国民政府统计表，新四军成立前南方诸省游击队人数为16400人，枪9260支。经过1937年8月至1938年5月集结，改编为新四军的人数只有10300人，枪6200支（注：琼崖游击队因国民党阻挠，未能参加改编）。
红军游击队改编中遭受了各种困难和损失，有的部队被国民党缴械和遣散，2支拒绝改编的游击队最终脱离了上级党组织领导。
2支拒绝改编的游击队此后遭到国民党军队围剿，在抗战中溃灭。1943年，杨文翰被国民党抓捕杀害。
