当年“辛丑条约”签成，两宫移驾回京，段祺瑞奉袁世凯之命，率部在道路两旁立正行礼。醇亲王载沣见了，当场就责问他：“这是你的部队吗?……见了两宫圣驾缘何不下跪?”段祺瑞认为，不下跪很正常，因为北洋新军是按照德式操典训练的，根据操典规定，军仪就是最高礼节。载沣闻言很是不悦：“难道大清的新军仅有你一家?”载沣不但是亲王，还是当朝皇帝光绪的亲弟弟。可是段祺瑞仍然毫不客气地给顶了回去：
“别的新军如何，属下不清楚，但我这是按操典规则行事。”
“大胆!”载沣顿时被对方的倔犟态度给激怒了。
就在众人都在替段祺瑞担心的时候，有人出来给他解了围——坐在轿子里的慈禧太后传下话来：
“新练之洋队参用西法，训练有素，堪为栋梁。”
有了这道旨意，载沣才不好再说什么了。
袁世凯小站练兵至1905年北洋六镇编练成军，每镇一万二千五百余人，除第一镇系满洲贵族铁良统率的旗兵外，其余五镇都在他的控制之下，重要将领几乎都是小站练兵时期的嫡系军官。平时袁世凯灌输给士兵的思想是，他们吃的是袁世凯的饭，穿的是袁世凯的衣服，并且供奉有袁世凯的排位。同时，袁世凯还兼任督办电政大臣、督办铁路大臣及会议商约大臣。在此期间，他在发展北洋工矿企业、修筑铁路、创办巡警、整顿地方政权及开办新式学堂等方面，都颇有成效。
通过办理新政，他得以“内结亲贵，外树党援”，很快形成了一个以他为首的庞大的北洋军事政治集团。袁世凯大力襄赞新政，包括废科举、督办新军、建学校、办工业等，第一支中国警察队伍亦于天津成立，也筹划修建了中国第一条自主建造的铁路——京张铁路。
袁世凯北洋集团势力的扩张，对掌握中央政柄的满洲亲贵集团的世袭地位构成严重威胁。皇室亲贵煽动一些御史上疏屡弹劾袁世凯权高势重，甚至预言将步曹操、刘裕后尘。1906年，袁主动辞去各项兼差，并将北洋军一、三、五、六各镇交陆军部直接管辖。1907年，又被调离北洋，到北京任军机大臣兼外务部尚书，成为中枢重臣。
后来光绪帝和慈禧太后相继病死，年幼的溥仪继位，改元“宣统”，其父载沣为摄政王。也就在她死后不到五年，袁世凯就背叛了她。袁世凯势力快速膨胀和嚣张跋扈的时候，慈禧太后、光绪皇帝都还在，有足够的时间来除掉袁世凯，但是慈禧太后为什么没有杀了他呢？这中间发生了什么？英国驻华公使朱尔典曾看完秋操后，在会见清廷大臣时直言不讳：
“我看中国之军事，唯有新建陆军，而中国之军事统帅，也唯有袁总督大人了。”
因秋操而声誉鹊起的不仅有袁世凯，还包括段祺瑞。段祺瑞担任秋操中的北军总统官，他所指挥的北军在与南军的对抗中略占优势，之后其知名度和权力便犹如长了翅膀一样的扶摇直升。慈禧为什么不杀了袁世凯这样一个功高盖主的朝廷重臣？慈禧在世还是有能力控制住政局，而载沣则才能平庸，年轻且缺乏号召力，作事也明显欠妥。
袁世凯不单是汉人，就算在整个王朝，有几个人的能力和权力能和他抗衡？还不说袁世凯的为人了，光绪皇帝幼稚听信康有为，他要是听从袁世凯的劝告，不要急进改革的话，谋定而后图，定能战胜后党，慈禧不会干这种傻事。作为一个宫廷权力斗争的高手，这个老太婆向以狠鸷多智着称，其心机和魄力决非一般妇女所能及——只要试想一下，连曾国藩、李鸿章等中兴名臣，都曾被她放在手掌中拨拉来拨拉去，又何况袁世凯这些后起之辈。
湘军、淮军、北洋军，经历过这么事情的慈禧也是处变不惊，以为北洋军不过是另一个淮军。北洋军上下，都是袁世凯的心腹。就像淮军首领李鸿章一样，慈禧是大胆使用的。驻扎保定的北洋将领段祺瑞鼓动南苑兵丁闹事，准备以平定“南苑兵变”为名进京，虽然事件很快被平息，却震慑了朝廷。袁世凯在官场经营甚久，更亲手编练了大清朝军力最强的北洋六镇，党羽遍及军政商，内有奕匡的阻挠，外有北洋六镇近在卧榻之侧的威胁和英美公使的警告，载沣纵有想法也只能徒唤奈何，坐视袁世凯优哉游哉
